妙崇寺建於民國52年，當時興建於高雄市前鎮區，弘法約20餘年，民國71年，因高雄市政府的道路拓寬計劃，使得妙崇寺不得不面臨拆遷的命運。

為了能夠繼續的弘揚佛法，便決定另尋一處清靜之地以接續弘法的心願，民國73年選定在地靈人傑的六龜清涼山建道場，歷經二年八個月的規劃，在民國77年正式奠基，一直到目前都還在進行修繕的工作，工程至今已達十餘年。